W silnikach dwusuwowych cylinder jest jednocześnie oczyszczany ze spalin i napełniany świeżym ładunkiem. W bardzo krótkim czasie musi tu nastąpić wymiana zawartości cylindra, to znaczy: • dopływ strug świeżego ładunku do komory korbowej, • przepływ tego ładunku do cylindra oraz • usunięcie spalin z cylindra. Dlatego w silnikach takich szczególną rolę odgrywają warunki przepływu gazów, które w dużej mierze zależą od dokładności i doboru chwil otwierania i zamykania okien w cylindrze. Okno dolotowe powinno zostać zasłonięte przez tłok, w chwili gdy wpływająca do komory korbowej struga powoduje wytworzenie w komorze niewielkiego nadciśnienia. Zbyt późne zamknięcie okna sprawiłoby chwilowy ruch strugi ładunku w przeciwnym kierunku, tzn. na zewnątrz komory korbowej. Podobnie jest ze strugami spalin, a także ze strugami ładunku przepływającego z komory korbowej do cylindra. Tutaj jednak dodatkową trudność sprawia takie uzgodnienie przepływu strug spalin i świeżego ładunku, żeby ładunek ten nie uciekał przez zbyt długo otwarte okno wylotowe (rys. 2.15). W silniku dwusuwowym bardzo ważne jest właściwe przepłukiwanie cylindra, czyli możliwie dokładne opróżnianie go ze spalin, które zostają zastąpione świeżym ładunkiem. Zapewnia to właściwie zaprojektowany system przepłukiwania cylindra, ukierunkowujący ruch strug świeżego ładunku w cylindrze. Przykłady różnych systemów przepłukiwania przedstawia rys. 2.16. Należy zwrócić uwagę, że pożądany ruchu gazów w cylindrze jest uzyskiwany głównie dzięki odpowiedniemu doborowi kształtu i wymiarów okien dolotowych oraz kierunku kanałów doprowadzających ładunek. Chwile otwierania i zamykania okien są określane kątem obrotu wału korbowego. Przykładowy wykres faz rozrządu silnika dwusuwowego przedstawia rys. 2.17.